En décembre 1944 a lieu sa première exposition de peinture à la librairie-galerie de l’Arc-en-Ciel, rue de Sèvres. Le public l’accueille favorablement tout en découvrant avec étonnement une figuration de tendance expressionniste, peinte dans une matière épaisse d’où surgissent des figures et des oiseaux. L’année suivante, le Salon des surindépendants présente quatre toiles non figuratives, déjà représentatives de ses œuvres futures.
Février 1946, deuxième exposition à la galerie Denise René, suivie un an après d’une troisième à la galerie Maeght (préface Jacques Kober) qui réunit 27 toiles et publie conjointement Description d’un combat de Kafka, texte pour lequel Atlan a réalisé les lithographies chez Mourlot en 1946, exposées en novembre 1947 à l’Hôtel du Pont Royal, 7, rue Montalembert.
Phase de succès pour l’artiste qui expose également en groupe, chez Maeght en décembre 1946 « Le noir est une couleur », en 1947 dans la même galerie « Sur quatre murs », et galerie du Luxembourg « L’Imaginaire », organisé par Mathieu et préfacé par Jean-José Marchand.
1947, c’est aussi sa participation au deuxième Salon des réalités nouvelles.
De 1947 à 1956, Atlan connaît une période de purgatoire. Ayant besoin d’indépendance, il rompt avec Maeght. S’il n’a plus de marchand en France, il expose à l’étranger : en octobre 1948 à l’Art Club de Vienne (Autriche) puis en décembre au Salon Corner de Copenhague (préfaces M. Ragon).
En 1949, il expose en Allemagne, à Mannheim, galerie Egon Günther, et en Italie, galerie Sandri à Venise, seul (pastels, dessins).
La même année, il envoie sa première toile au Salon de mai où il exposera fidèlement jusqu’à sa mort (hommage en 1960). Malgré son succès et l’intérêt porté à sa peinture — Michel Ragon publie en 1951 le premier livre consacré à Atlan, L’Architecte et le Magicien —, celle-ci demeure équivoque. Un malentendu subsiste entre abstraits et Atlan. Clara Malraux dans un texte de 1946 souligne déjà ce clivage : « C’est à travers des moyens picturaux qu’Atlan veut nous atteindre. Mais ces moyens picturaux sont au service d’un monde intérieur hallucinant, obsédant, étrange et, cependant, communicable au point qu’il éveille en nous comme des réminiscences. C’est pourquoi il a une sorte de “matérialité” qui l’éloigne de l’univers de ceux que nous appelons les abstraits » (La Nef, Paris, mars 1946).
Malgré son retrait, ses prestations témoignent d’une intense activité créatrice. Les achats d’amateurs fidèles (Gertrude Stein et Jean Paulhan comptent parmi ses premiers clients) ne sont pas suffisants et c’est une période difficile pour Atlan et sa femme.
On le retrouve à la Biennale de Menton en 1951, 1953 et 1955.
À Liège en 1951 à l’Exposition internationale d’art expérimental. Connaît un succès grandissant au Japon dès 1953.
Expose en Israël (1953) et en Yougoslavie (1954).
Participe à la Biennale de São Paulo en 1955 et 1957.
Pour subsister, il vend de la bonneterie sur les marchés de banlieue, mais il peint avec passion. Il reste peu de tableaux de cette époque du fait de leur réutilisation par Atlan qui repeint dessus faute de toiles neuves, mais ce qui subsiste est de grande qualité. L’empâtement des premières œuvres a cédé progressivement la place à un graphisme simulant un monde floral, puis animal. Peints avec une âpreté violente, dans une palette restreinte, à base d’ocre, de jaune, de rouge et de noir, ces signes anthropomorphiques inscrivent leurs formes noires qui s’entrelacent en courbes tout en s’articulant sur des hérissements de piques. Univers magique des premiers âges où le végétal et le minéral se mêlent étroitement à un bestiaire issu des profondeurs de la terre et des forêts. Le dynamisme de ses lignes, allié au rythme qu’Atlan insuffle à sa peinture, donne à celle-ci une force incantatoire. Pendant ces années, l’atelier ne désemplit pas. Naturellement chaleureux, il attire écrivains (Marcel Arland, Clara Malraux, Jean Duvignaud) et artistes (Mathieu, Soulages…). Une convivialité régnait lors des fameux samedis où les conversations se prolongeaient tard dans la nuit.